Quand on prend la sortie numéro 3 de la gare de Kiyomizu-gojo sur la ligne Keihan, on trouve, à l’ouest, la rivière Kamo-gawa. Si on marche vers l’ouest, en traversant le pont de Gojo-ohashi, on arrive au carrefour de Kawaramachi-Gojo. Là, on tourne à droite et continue la marche environ 400 mètres le long de la rue Kawaramachi-dori, jusqu’à ce qu’elle croise la rue Matsubara-dori. Au coin du troisième carrefour à l’ouest de celui de Kawaramachi-Matsubara, il y a un temple appelé Myoohinfudo-ji.
Ce temple fut fondé en l’an 691 par le bonze Dokan Daitoku qui faisait parti de la secte de Hosso-shu à Nara (ancien bouddhisme). Mais après que le bonze vertueux Kukai eût sculpté une statue du Fudo-myoo en pierre et l’eût déifiée dans ce temple, le temple fut convertit à la secte créée par Kukai : Shingon-shu (bouddhisme ésotérique).
Quand on transféra la capitale à Kyoto en l’an 794, le cinquantième empereur Kammu Tenno plaça dans les quatre directions de la ville quatre pierres sacrées, sous lesquelles des soutras étaient ensevelis, pour protéger la ville contre les mauvais esprits. La pierre qui protégea la direction sud fut placée dans ce temple. Donc, on commença à l’appeler « Minami-Iwakura » : « le Siège sud de la pierre ».
A cette époque-là, il y avait une condition d’implantation très sévère pour la capitale du Japon : « Shijinsohoh », selon laquelle la capitale devait être installée dans les quatre directions par les quatre dieux. Au nord, elle doit être installée par Genbu (symbolisé par la tortue). Au sud, par Suzaku (l’oiseau). A l’est, par Seiryu (le dragon). A l’ouest, par Byakko (le tigre). Pour Genbu, il doit y avoir une montagne. Pour Suzaku, un étang. Pour Seiryu, une rivière. Pour Byakko, un grand chemin.
Le lieu de Kyoto était, avec la montagne Funaoka-yama au nord, l’étang Ogura-ike (maintenant disparu) au sud, la rivière Kamo-gawa à l’est et le chemin San-in-do à l’ouest, parfait pour accueillir la capitale. Pour perfectionner la protection de la ville, l’empereur plaça quatre pierres sacrées dans les temples aux quatre bornes. En plus, il désigna quatre sanctuaires shintos Daishogun-jinjas placés aussi dans les quatre directions. Dans la direction de kimon (nord-est), par laquelle les démons pénètrent traditionellement, il bâtit les temples Sekisanzen-in et Enryaku-ji. De chaque côté du Rajo-mon (la grande porte de la capitale), il bâtit les temples To(Est)-ji et Sai(Ouest)-ji dirigés par les bonzes verteux, Kukai et Shunbin.
En l’an 975, le temple Myoohinfudo-ji fut emporté par l’inondation de la rivière Kamo-gawa. Même s’il fut provisoirement reconstruit par un bonze du temple Enryaku-ji, Taien-hoshi, il fut encore ravagé par la guerre civile Onin-no-ran éclatée en l’an 1467. En l’an 1586, après avoir unifié le Japon, Toyotomi Hideyoshi fit bâtir sa résidence Jurakudai à Kyoto. Il trouva par hasard le Fudo-myoo couvert de mousses dans ce temple à l’abandon et le fit emporter à sa nouvelle villa pour l’utiliser comme pierre décorative dans son jardin.
Mais, un peu après, le Fudo-myoo commença à émettre de la lumière étrange chaque nuit. Toyotomi Hideyoshi, effrayé par cet acte étrange, le remit en place et bâtit pour lui un petit temple. C’est ainsi que le temple Myoohinfudo-ji d’aujourd-hui est né.